長期優良住宅のメリットを正しく理解すれば、税金・補助金・金利・地震保険料の4方向で数百万円規模の経済効果が見込めます。
ただ、認定取得には申請費用や100万円前後の建築コスト上乗せといった負担もあります。
この記事では、住宅ローン控除の借入上限5,000万円・固定資産税の減額延長・登録免許税や不動産取得税の軽減・フラット35Sでの金利優遇・地震保険料の最大50%割引・子育てグリーン住宅支援事業の補助金・将来の資産価値といった7つの主要メリットを、具体的な金額とともに解説します。
あえてデメリットも正直にお伝えしますので、自分の家を長期優良住宅にする価値があるかどうか、冷静に判断するための材料としてご活用ください。
長期優良住宅とは？認定を受けるための9つの基準
長期優良住宅は、長期にわたって良好な状態で住み続けられるよう、国が定めた基準を満たした住宅のことです。
平成21年6月に施行された長期優良住宅普及促進法を根拠に、所管行政庁から認定を受けると、税制優遇や補助金など多くのメリットが受けられます。
- 長期優良住宅の基本的な仕組みと認定の流れ
- 認定を受けるための9項目の基準一覧
- 一般住宅との主な違い
ひとつずつ確認していきます。
長期優良住宅の基本的な仕組みと認定の流れ
長期優良住宅は、構造躯体の劣化対策や耐震性、省エネルギー性など複数の性能を満たし、なおかつ計画的な維持保全を行うことを前提とする住宅です。
認定までの流れは、設計段階で建築会社が認定基準に沿った設計図書を作成し、登録住宅性能評価機関などで技術的審査を受けたうえで、所管行政庁（市区町村など）に認定申請を行うのが一般的です。
着工前に認定通知書が交付され、その後に工事が始まります。
申請の代行は建築会社が行うケースが多く、施主は必要書類への署名や費用負担を担当します。
リアンコーポレーションでも、長期優良住宅の認定申請から維持保全計画の作成まで一貫してサポートしており、家づくりに対する考え方はリアンコーポレーションのコンセプトでもご紹介しています。
認定後は、定められた維持保全計画に沿って点検・修繕の記録を残していくことが義務付けられている点も覚えておきましょう。
認定を受けるための9項目の基準一覧
長期優良住宅の認定基準は次の9項目で構成されており、戸建ての場合は「可変性」「バリアフリー性」を除く7項目が対象になります。
- 劣化対策（構造躯体が数世代にわたり使えること）
- 耐震性（耐震等級2以上または免震建築物相当）
- 維持管理・更新の容易性（配管などの点検・交換がしやすいこと）
- 可変性（間取り変更に対応しやすい設計）
- バリアフリー性（共同住宅で求められる項目）
- 省エネルギー性（断熱等性能等級5以上かつ一次エネルギー消費量等級6以上）
- 居住環境（地区計画や景観計画との調和）
- 住戸面積（戸建ては75平方メートル以上）
- 維持保全計画（定期点検と修繕の計画）
この9項目はそれぞれ等級や数値で具体的な水準が定められており、設計段階で全項目をクリアする必要があります。
詳細な基準は公式の解説ページで公表されています。
なお、リアンコーポレーションでは認定基準を標準クリアできるよう設計された複数のプランをご用意しており、暮らし方や予算に合わせて選べるリアンコーポレーションの注文住宅ラインナップから比較検討いただけます。
一般住宅との主な違い
一般住宅と長期優良住宅の違いは、性能水準・税制優遇・維持管理義務の3点に整理できます。
性能面では、長期優良住宅は耐震等級2以上・断熱等性能等級5以上が必須で、一般住宅（等級1相当）よりワンランク上の性能が求められます。
税制面では、住宅ローン控除の借入上限・固定資産税の減額期間・登録免許税・不動産取得税の控除額がすべて一般住宅より優遇されます。
一方で、長期優良住宅は認定後の維持保全計画を作成し、点検・修繕の記録を残す義務がある点が、一般住宅にはない負担です。
性能と税制優遇を取るか、維持管理の手間を避けるかという選択が、認定取得を検討するうえでの分岐点になります。
長期優良住宅のメリット7選！税金・補助金・金利優遇をまとめて解説
長期優良住宅にすると、税金面・補助金・金利・保険料・資産価値という幅広い領域で経済的なメリットを得られます。
ここでは、特に効果が大きい7つのメリットを順番に解説していきます。
- 住宅ローン控除の借入上限が5,000万円に拡大
- 固定資産税の減額期間が3年から5年に延長
- 登録免許税・不動産取得税が軽減される
- フラット35Sで金利優遇が受けられる
- 地震保険料が最大50%割引になる
- 子育てグリーン住宅支援事業の補助金対象になる
- 資産価値が維持されやすく将来の売却に有利
ひとつずつ金額イメージとあわせて見ていきます。
メリット①：住宅ローン控除の借入上限が5,000万円に拡大
長期優良住宅の最大のメリットは、住宅ローン控除の借入限度額が一般住宅より大きいことです。
国税庁の制度では、令和8年（2026年）入居の場合、認定長期優良住宅は子育て世帯・若者夫婦世帯で借入限度額5,000万円、それ以外の世帯で4,500万円が上限となります。
2024年1月1日以降に建築確認を受けた一般住宅（その他の住宅）は借入限度額が0円（控除対象外）となるケースが大半のため、長期優良住宅にするだけで控除対象となる借入額が数千万円単位で広がる計算です。
控除率は年末ローン残高の0.7%、控除期間は新築で13年間。
仮に5,000万円を満額で借りると、年35万円・13年で最大455万円の所得税・住民税の軽減効果が見込めます。
メリット②：固定資産税の減額期間が3年から5年に延長
新築住宅は一定要件を満たすと、固定資産税が2分の1に減額されます。
一般住宅は戸建てで3年間・マンションで5年間の減額期間ですが、認定長期優良住宅では戸建てで5年間・マンションで7年間と、2年ずつ長く優遇されます。
仮に新築時の固定資産税が年12万円だった場合、長期優良住宅にすることで2分の1の6万円が5年間続き、減額額は単純計算で30万円。
一般住宅と比較して2年分（約12万円）多く軽減される計算です。
固定資産税の減額措置の適用期限は、令和13年（2031年）3月31日までと国土交通省が公表しています。
メリット③：登録免許税・不動産取得税が軽減される
家を購入・建築するときには、所有権の登記や取得のタイミングで税金がかかります。
長期優良住宅は、この登録免許税と不動産取得税の両方で優遇措置を受けられます。
登録免許税の軽減税率
登録免許税の税率は、認定長期優良住宅だと次の通り軽減されます。
- 所有権保存登記：一般0.15% → 長期優良住宅0.1%
- 所有権移転登記（戸建て）：一般0.3% → 長期優良住宅0.2%
- 所有権移転登記（マンション）：一般0.3% → 長期優良住宅0.1%
たとえば建物評価額1,500万円で保存登記を行う場合、一般住宅2.25万円に対して長期優良住宅は1.5万円となり、その差は0.75万円。
少額に見えますが、移転登記もあわせれば数万円単位の差になります。
不動産取得税の控除額
不動産取得税は、課税標準額から一定額を控除したうえで税率を掛ける仕組みです。
一般住宅の控除額が1,200万円なのに対し、認定長期優良住宅は1,300万円と100万円拡大されています。
控除額が増えれば課税対象が縮小するため、その分だけ取得税が軽くなります。
メリット④：フラット35Sで金利優遇が受けられる
住宅金融支援機構が提供する全期間固定金利の住宅ローン「フラット35」には、性能の高い住宅向けに金利を引き下げる「フラット35S」というメニューがあります。
長期優良住宅は、フラット35S（金利Aプラン）などの上位プランの対象となるため、最大で当初5年間 年▲0.50%（金利Aプラン）または当初5年間 年▲0.25%（金利Bプラン）の金利引き下げを受けられるケースがあります。
さらに、ZEH水準を満たす場合はフラット35S（ZEH）として当初5年間 年▲0.75%の引下げを受けられる場合もあります。
借入3,000万円・35年返済で当初5年間 年▲0.5%の引下げを受けた場合の利息軽減効果は数十万円規模になることもあり、長期固定の安心感とあわせて家計の予測がしやすくなる点も魅力です。
引き下げ幅やポイント制度は時期によって細かく改定されるため、契約前に最新条件を公式サイトで確認しておきましょう。
メリット⑤：地震保険料が最大50%割引になる
長期優良住宅は耐震等級2以上を確保していることが認定要件のひとつです。
そのため、地震保険でも耐震等級割引の対象になります。
割引率は次の通りです。
- 耐震等級1：地震保険料10%割引
- 耐震等級2：地震保険料30%割引
- 耐震等級3：地震保険料50%割引
長期優良住宅は等級2以上が条件のため、最低でも30%、耐震等級3を取得していれば最大50%の割引を受けられます。
仮に年間の地震保険料が3万円だった場合、等級3で50%割引されれば年1.5万円。
10年で15万円、契約期間によっては数十万円の節約につながります。
地震保険料は国の制度として保険会社共通の割引率が設定されているため、どの損保会社でも基本ルールは同じです。
メリット⑥：子育てグリーン住宅支援事業の補助金対象になる
国土交通省が所管する「子育てグリーン住宅支援事業」では、省エネ性能の高い住宅の新築に対して定額補助が行われています。
事業のなかでも長期優良住宅は補助対象に含まれており、2025年度の子育てグリーン住宅支援事業では1戸あたり80万円の補助が用意されていました。
後継の「みらいエコ住宅2026事業」では補助額や対象要件が改定される予定のため、最新の補助金額・申請期間は公式サイトでご確認ください。
なお、令和7年（2025年）11月28日以降に基礎工事に着手した住宅は、後継事業「みらいエコ住宅2026事業」の対象となります。
補助金は予算枠に達した時点で受付終了となるため、検討中の方はできるだけ早めに住宅会社へ相談しましょう。
ガス・解体・寒冷地などの加算条件もあり、最終的な補助額は建築プランによって変動します。
宇都宮市・栃木県内で活用できる補助金の全体像については、一戸建て住宅に補助金は使える？宇都宮で活用できる支援制度をわかりやすく解説もあわせてご覧ください。
長期優良住宅化リフォーム推進事業など、国の補助金と市の補助金を組み合わせる方法もまとめています。
メリット⑦：資産価値が維持されやすく将来の売却に有利
長期優良住宅は、性能と維持管理の記録が公的に認められた住宅です。
これは将来の売却・賃貸時の評価額に有利に働く可能性があります。
中古住宅市場では、耐震等級・断熱性能・点検履歴がそろっている物件ほど安心材料が多く、買主から選ばれやすい傾向があります。
国もインスペクション（住宅診断）や履歴情報の活用を後押ししており、認定取得済みの長期優良住宅は、こうした見える化された情報を最初から持っている状態でスタートできます。
加えて、リバースモーゲージや住宅ローン借り換え時の担保評価でもプラスに働くケースがあり、住み始めた後の選択肢を広げてくれる住宅です。
実際に資産価値が維持されやすい住まいの仕上がりは、写真だけでは伝わりにくい部分も多いため、リアンコーポレーションの施工事例で過去の施工事例をチェックしてみるとイメージが掴みやすくなります。
長期優良住宅の税制優遇でいくら得するか？シミュレーションで確認
長期優良住宅のメリットを実感するためには、具体的な金額シミュレーションが欠かせません。
ここでは、住宅ローン控除・固定資産税・不動産取得税の3つを軸に、ざっくりとした「得する金額」を試算してみます。
- 住宅ローン控除での還付額シミュレーション
- 固定資産税・不動産取得税の軽減効果
- 申請費用と総合的な費用対効果のまとめ
数字を眺めながら見ていきましょう。
住宅ローン控除での還付額シミュレーション
借入5,000万円・全期間固定金利・35年返済・子育て世帯のケースで考えてみます。
長期優良住宅であれば借入限度額が5,000万円まで認められるため、控除対象がフル活用できます。
入居初年度の年末ローン残高を仮に4,900万円とした場合、控除額は4,900万円 × 0.7% = 34.3万円。
毎年のローン残高は減っていくため、控除額も年々下がりますが、13年トータルで合計300万〜450万円程度の所得税・住民税の還付・軽減につながるケースが多いです。
一方、2024年1月1日以降に建築確認を受けた一般住宅（その他の住宅）は借入限度額が0円（控除対象外）となるケースが大半のため、控除そのものが受けられない場合もあります。
同じ借入額でも、長期優良住宅とそうでないかで数百万円単位の差が出るというのが、住宅ローン控除における最大のインパクトです。
固定資産税・不動産取得税の軽減効果
固定資産税のシミュレーションでは、新築時の建物の固定資産税が年間12万円だったと仮定します。
- 一般住宅（戸建て）：2分の1減額が3年 → 軽減額 6万円 × 3年 = 18万円
- 長期優良住宅（戸建て）：2分の1減額が5年 → 軽減額 6万円 × 5年 = 30万円
差額は12万円程度ですが、マンションの場合は減額期間が5年→7年に延長されるため、軽減額の差はさらに大きくなります。
不動産取得税は、建物評価額1,500万円のケースで考えると、一般住宅と長期優良住宅の控除差（1,200万円→1,300万円）で課税標準が100万円縮小し、税率3%で計算した場合、おおむね3万円の差額になります。
登録免許税・地震保険・補助金まで含めると、トータルで100万〜200万円規模の節約効果が見込める計算です。
申請費用と総合的な費用対効果のまとめ
メリットの大きい長期優良住宅ですが、認定取得には申請費用と建築費の上乗せがあります。
申請手数料・性能評価機関への審査費用などを含めると、合計でおおよそ20万〜30万円前後が目安です。
建築会社によっては設計料に含めているケースもあれば、別途見積もりとなるケースもあります。
一方で、ここまで紹介してきた税制優遇・補助金・金利優遇・地震保険料の節約効果は、世帯やプランによってばらつきはあるものの、合計で100万〜300万円規模になることも珍しくありません。
申請費用を払ってでも十分元が取れる住宅と言えるかどうかは、借入額・世帯構成・建築費・将来の売却計画によって変わります。
宇都宮市の新築住宅向けの補助金制度を整理した宇都宮の新築補助金まとめ！マイホーム取得支援・結婚新生活支援などを徹底解説もあわせて読んでおくと、申請費用を上回るメリットがあるか判断しやすくなります。
判断に迷うときは、住宅会社のシミュレーションを依頼するのが近道です。
長期優良住宅のデメリット・注意点も正直に解説
メリットの多い長期優良住宅ですが、認定取得には負担もあります。
ここでは、後悔しないために知っておきたい4つのデメリットを正直にお伝えします。
- 建築コストが100〜150万円程度上がる
- 申請手続きに時間・費用がかかる
- 定期的なメンテナンス義務がある
- 対応できない工務店・ハウスメーカーがある
順番に紐解いていきましょう。
デメリット①：建築コストが100〜150万円程度上がる
長期優良住宅は耐震等級2以上・断熱等性能等級5以上・劣化対策などの性能を満たす必要があるため、構造材や断熱材・サッシなどの仕様が標準よりワンランク上になります。
その結果、一般住宅と比較して建築コストがおおむね100〜150万円程度上がるケースが多いです。
ただし、その分だけ光熱費の削減・税制優遇・補助金などのリターンが見込めるため、初期費用の上乗せだけを見てもったいないと判断するのは早計です。
初期コスト+ランニングコストから優遇・補助金を差し引いたトータルで考えるのが、正しい比較方法になります。
デメリット②：申請手続きに時間・費用がかかる
長期優良住宅の認定は、設計図書の作成 → 性能評価機関の審査 → 所管行政庁への申請という流れで進みます。
審査・認定には数週間〜2か月程度かかることもあり、着工までのスケジュールに余裕を持たせる必要があります。
申請手数料・審査費用も合計で20万〜30万円前後が目安です。
工期に強い希望がある場合は、認定取得まで含めたスケジュールを建築会社と早めに共有しておくと安心です。
デメリット③：定期的なメンテナンス義務がある
長期優良住宅は、認定時に維持保全計画を作成し、計画に沿って定期点検・修繕を行う義務があります。
おおよそ10年に1度の点検が目安で、屋根・外壁・防水・給排水管などの状態をチェックし、必要に応じて修繕します。
点検・修繕の記録は保管し、行政から求められた際には提示できる状態を維持しなければなりません。
仮に維持保全計画に違反した場合、最悪のケースでは認定が取り消され、税制優遇分を返還するよう求められる可能性もあります。
家を長く大事に使う前提があるご家庭であれば、それほど大きな負担にはなりません。
デメリット④：対応できない工務店・ハウスメーカーがある
長期優良住宅の認定には、性能計算や申請書類の作成など、設計事務所・工務店側に一定のノウハウが必要です。
小規模工務店や、設計の標準が一般住宅レベルの会社では、長期優良住宅に対応していなかったり、対応はできても費用が割高になったりするケースがあります。
逆に、長期優良住宅の施工実績が豊富な住宅会社であれば、申請も含めてスムーズに進めることができます。
宇都宮市・栃木県内で家づくりを検討する場合は、補助金や認定取得に強い住宅会社かどうかを事前に確認しておくと失敗が少なくなります。
会社選びの参考には宇都宮で補助金に強いハウスメーカー3選！ZEHや長期優良住宅に対応もあわせてご覧ください。
申請手続きの煩雑さやメンテナンスの継続性に不安を感じる方も、リアンコーポレーションなら認定取得から長期アフターフォローまで一貫してお任せいただけます。
家づくりを安心してスタートしたい方は、リアンコーポレーションへのご相談・お問い合わせからお気軽にご相談ください。
長期優良住宅でよくある質問
最後に、長期優良住宅についてよく寄せられる質問をまとめます。
- 長期優良住宅とZEHはどちらが得か
- 申請しないとどうなるのか
- メンテナンスをしないとどうなるのか
- 中古でも税制優遇は受けられるか
順に見ていきます。
Q. 長期優良住宅とZEHはどちらが得ですか？
A. 結論から言うと、両方の認定をあわせて取るのが最も有利になるケースが多いです。
長期優良住宅は税制優遇に強く、ZEHは省エネ・補助金に強いという特徴があります。
近年は両方の基準を満たす住宅プランも増えており、断熱性能等級6・一次エネルギー消費量等級6を確保することで、両認定の恩恵を同時に受けられます。
迷うときは、住宅会社に長期優良+ZEH対応の場合のシミュレーションを依頼してみるのがおすすめです。
Q. 申請しないとどうなりますか？
A. 認定基準を満たす性能を備えていても、申請をしなければ長期優良住宅としては扱われません。
その場合、住宅ローン控除の借入上限・固定資産税の減額延長・登録免許税の軽減・地震保険料割引（耐震等級割引は別途証明書で可）など、認定が前提となる優遇措置は受けられません。
性能はあるのにメリットを受け取れないというもったいない状態になるため、認定取得が可能なら、原則として申請しておくのが得策です。
Q. メンテナンスをしないとどうなりますか？
A. 維持保全計画に沿った点検・修繕を行わない場合、認定が取り消される可能性があります。
認定が取り消されると、これまでに受けていた税制優遇の一部について、追徴課税の対象となるリスクがあります。
資金的にメンテナンスが続けられそうにないという不安があるなら、長期優良住宅にこだわらず、一般住宅+必要な性能だけを選ぶ選択肢も検討してみると良いでしょう。
Q. 中古の長期優良住宅でも税制優遇は受けられますか？
A. 一定の要件を満たせば、中古の認定長期優良住宅でも住宅ローン控除や登録免許税の軽減を受けられます。
ただし、対象となる中古物件は限定的で、認定取得済みの物件かどうかは仲介会社・売主に確認する必要があります。
中古住宅の購入とリフォームを組み合わせるケースでは、リフォーム工事と認定取得を同時に進める増改築による認定もあるため、リフォーム会社にも相談してみましょう。
「申請手続きが複雑で不安」「認定取得後のメンテナンスが続けられるか心配」と感じている方も、リアンコーポレーションなら認定取得から長期アフターまで一貫してサポートしているため、初めての家づくりでも安心して進められます。
実際の住まいの雰囲気や性能を体感したい方は、リアンコーポレーションの見学会・相談会からお気軽にご利用ください。
長期優良住宅のメリット・デメリットについてまとめ
長期優良住宅は、住宅ローン控除の借入上限拡大、固定資産税の減額期間延長、登録免許税・不動産取得税の軽減、フラット35Sでの金利優遇、地震保険料の最大50%割引、子育てグリーン住宅支援事業の補助金、将来の資産価値という7つの強力なメリットを備えた住宅です。
一方で、建築コストが100〜150万円程度上乗せされる、申請に時間・費用がかかる、定期的なメンテナンス義務がある、対応できない住宅会社もあるといったデメリットもあります。
総合的に見ると、長期借入で家を建てる子育て世帯・若者夫婦世帯にとっては、長期優良住宅にすることで100万〜300万円規模の経済効果を見込めるケースが多く、家計目線でも非常に合理的な選択肢になります。
宇都宮市・栃木県で長期優良住宅やZEHを検討している方は、リアンコーポレーションへぜひお気軽にご相談ください。
長期優良住宅・ZEH双方の認定取得に対応しており、補助金申請のサポートまで一貫してお任せいただけます。家族の人数・予算・土地条件にあわせた最適なプランをご提案します。
